祖籍湖南善化（今长沙）。早年就投入清军滇营，随同云贵总督岑毓英一起征战。由于他机敏善战，不断得到提拔，由千总累升至总兵、记名提督。1874年，任代理云南提督。中法战争爆发后，率军参加了抵御法国侵略军的战斗。1885年2月，法军侵占了越南重镇凉山，当时他率部退守文渊。法军于2月23日重新集结众兵侵犯文渊，杨玉科率领所部守军顽强抵御，并且亲临前线指挥，不幸中敌炮弹身亡。为了褒奖其英勇，清政府谥之武愍。