出生于一个家学渊源很深的家庭。幼时受家庭的影响，经史词章较为精通，弱冠后，应童子试，得到当时任督学的张之洞的赏识。1875年，四川尊经书院在成都创立，他以优廪生调院肄业。1882年，他因优员生朝考第一，得试用知县。1885年，时张之洞调任两广总督，他被聘任奏牍文字，入佐张的幕府，此后，他一直与张之洞关系密切。1889年，他中举，被授内阁中书，不久，又考授总理各国事务衙门章京记名。1895年，康有为约集千余名举人上书，此事对其震动很大。他受维新运动的影响，开始与康有为等维新派人士接触。同年7月，强学会在北京成立，他是发起人之一，并出资捐助。后来他又参加了保国会。为了“正人心开风气”，他在北京回川会馆创办蜀学会、蜀学堂等，培养新思想的人才。在百日维新期间，由湖南巡抚陈宝箴举荐，被光绪皇帝召见，甚得皇帝赏识。1898年7月，得授四品卿衔、军机章京，与谭嗣同、刘光第、林旭同参新政，时称军机四卿。由于维新变法触犯了以慈禧为首的顽固保守势力，遭到慈禧的反对和镇压，先将光绪皇帝囚禁，9月24日，他在家中尚未起床就被逮捕。被捕后，张之洞极力设法营救，“愿以百口保杨锐”，但事不成。9月28日，清政府不经审讯，将他与谭嗣同等共6人杀害于北京宣武门外菜市口，成为献身于维新运动的戊戍六君子之一。他的遗著有《晋书十八家辑遗》、《说经堂诗草》，后人还将其诗文辑为《杨叔峤文集》和《杨叔峤诗集》。